《名侦探柯南 江户川柯南失踪事件 史上最糟糕的两天》讲述了柯南与毛利兰、灰原哀一同前往公共浴池时发生的故事。在男浴池的更衣室，柯南意外目击到两名可疑男子。随后，柯南在浴场摔倒失去意识，这两名男子阿辰和近藤趁机将他带走，并声称要送他去医院。柯南逐渐意识到，这两人是黑社会中有名的人物，并且正在执行一项秘密任务。与此同时，得知柯南被送往医院的小兰和灰原哀焦急地在附近的医院寻找他。柯南在被绑架的过程中，试图揭开这两名男子的真实目的，并寻找逃脱的机会。故事紧张刺激，展现了柯南在面对危险时的机智与勇敢，同时也揭示了黑社会的阴谋与暗流。