《假面骑士创骑与艾克赛德联手传奇骑士 平成世代 终章》讲述了在被天空之壁分割成三个区域的创骑世界中，突然出现了来自艾克赛德世界的敌人——崩源体。面对这些本不该存在的敌人，假面骑士Build桐生战兔束手无策。这时，一个半边身体被金属覆盖的神秘男子出现在他面前。与此同时，一位自称科学家的男人启动了巨型机器，导致天空中出现了倒立的平行世界。为了查明真相并拯救两个世界，创骑与来自艾克赛德世界的假面骑士们不得不联手对抗这场跨次元的危机。故事穿插了TV版第1话3年前的序章、第21话背后的故事以及第22话的隐藏剧情，揭示了更多不为人知的秘密。多位平成假面骑士齐聚一堂，展开了一场跨越世界线的终极战斗。