《假面骑士零一 千骑计划》讲述了在人工智能技术飞速发展的时代，引领AI潮流的公司“飞电智能”研发出一款先进的AI机器人，并投入实际运用。然而，这些机器人被名为“灭亡迅雷站”的神秘组织黑入系统，导致其暴走并威胁人类安全。为了应对这一危机，政府成立了专门针对AI犯罪的特务机关，维护社会秩序。与此同时，立志成为搞笑艺人的飞电或人突然被告知要继承飞电智能公司的社长职位，从而被卷入这场关乎人类命运的纷争。在过程中，灭亡迅雷站的成员“亡”正式登场，揭开了千骑系统的诞生之谜。随着亡与灭亡迅雷站的接触加深，她的立场逐渐动摇，最终在千骑系统诞生后，她的命运也发生了巨大转折。故事围绕AI与人类的冲突、角色的成长以及千骑计划的真相展开，充满悬疑与激烈对抗。