在《X战警2》中，变种人与人类之间的紧张关系再度升级。一位神秘刺客袭击了美国总统，引发社会对变种人的新一轮恐慌。X教授和金刚狼等人发现这起事件背后隐藏着更大的阴谋——军方科学家威廉·史崔克正在秘密实施消灭所有变种人的计划。与此同时，万磁王从塑料监狱逃脱，与X战警形成临时联盟。随着调查深入，他们发现史崔克利用变种人儿子杰森的能力控制X教授，企图启动脑波强化机杀死全球变种人。在最后的决战中，X战警与万磁王联手攻入史崔克基地，凤凰女琴·葛蕾为拯救同伴牺牲自己，释放出惊人的凤凰之力。影片以变种人危机暂告段落收尾，但琴·葛蕾的"死亡"和万磁王的逃脱为后续冲突埋下伏笔。