《霹雳神州III之天罪》延续东瀛与中原的纷争，神风营新任军神选拔引发新的动荡。一页书击败军神源武藏后，莫召奴诈死促成停战协议，但拳皇与剑圣执意追寻隐退的军神。与此同时，万血邪箓现世，揭露神州支柱危机，魔界、正道、识界三方为争夺明圣天书、侠道追溯、魔宝大典展开殊死较量。银鍠朱武率领魔界大军进犯，中原群侠在素还真带领下守护最后支柱，苍玄泣血对抗天罪降临。末日劫火中，柳生剑影顿悟至高剑道，以性命为代价斩断厄运链锁，而识界玄貘更暗中操纵全局，意图吞噬神州气运。最终天柱倾塌引发时空裂变，弃天帝真身降临苦境，带来毁灭与重生的终极考验。