《炼体十万层：都市篇 第三季》继续讲述了轩辕铭在现代都市中的修炼之旅。经过数千年的积累，他的炼体期已达到九万九千四百四十二层，距离十万层的目标越来越近。然而，都市生活并非一帆风顺，轩辕铭不仅要面对现代科技的挑战，还得应对隐藏在都市中的古老势力和神秘组织的阻挠。与此同时，他的特殊体质也引来了各方势力的觊觎。在修炼的过程中，他结识了一群志同道合的朋友，共同对抗强敌。随着剧情的发展，轩辕铭逐渐揭开了自己体质的秘密，并发现了一个关乎世界命运的惊天阴谋。他必须在修炼与责任之间找到平衡，最终突破十万层，完成自己的使命。