《名侦探柯南Episode"ONE"变小的名侦探》讲述了工藤新一在变成柯南前夕的关键事件。高中生侦探新一与青梅竹马毛利兰前往米花水族馆勘察场地，计划促成兰分居的父母复合。欢乐氛围被突如其来的命案打断——新一凭借敏锐嗅觉率先察觉血腥味，立即展开调查。随着推理深入，案件背后竟暗藏与黑衣组织相关的线索，这场看似普通的凶案成为新一遭遇APTX4869毒药、变身江户川柯南的重要伏笔。故事同时穿插灰原哀研发毒药的过往片段，以及少年侦探团、阿笠博士等角色在新一"消失"前的生活状态，完整串联起柯南诞生的前因后果。