《无敌神王》讲述了从五次元而来的邪恶军团“嘉克帝国”企图侵略地球的故事。古代守护地球的艾鲁多兰驾驶雷神王与之对抗，却因帝国司令官贝路塞夫的阴谋而重伤坠落到阳升学园。临终前，艾鲁多兰将操纵雷神王的雷神金属托付给五年三班的学生。随后，学生们组成了“地球防卫组织”。当嘉克帝国的机器人废气邪恶兽·艾提索斯出现时，学生们手中的雷神金属发出光芒，白鸟玛丽亚将金属放在课桌上，教室瞬间变为司令部。日向仁、月城飞鸟和星山吼儿分别成为剑王、凤凰和兽王的驾驶员，出击迎战邪恶兽。战斗中小岛勉发现三台机器人可以合体，最终三人合体成雷神王，成功击败邪恶兽。自此，小学生们与嘉克帝国的战斗正式展开。