《神秘的旅伴》讲述了新中国成立初期，边疆地区仍有帝国主义和国民党残余势力勾结土匪，企图颠覆新政权的故事。马帮头目魏福是反动势力的代表人物，他利用熟悉地形的优势，秘密运送武器和通信器材。魏福的行径引起了爱国百姓的警觉，红坡头巡逻队派出一排长冯廷贵和朱林生伪装成赶马人，接近魏福进行调查。两人在与魏福的斗智斗勇中，逐渐揭开了反动势力的阴谋。面对狡猾的敌人，冯廷贵和朱林生展现了机智与勇敢，最终成功挫败了反动势力的阴谋，维护了国家的安全与稳定。影片通过紧张的情节和生动的角色刻画，展现了新中国成立初期边疆地区复杂的斗争形势。