在太平洋上的神海岛，柯南一行人度假时卷入了一场寻宝风波。这座岛屿流传着海底宫殿的传说，据说那里埋藏着300年前女海盗留下的宝藏。小兰和园子在潜水时偶遇一群寻宝猎人，其中一人意外遭鲨鱼袭击身亡。随着调查深入，柯南发现事件与一个神秘组织有关，他们正试图打捞沉船中的珍贵文物。与此同时，服部平次也来到岛上协助破案。在追踪线索过程中，众人逐渐揭开两个女海盗后裔的恩怨，以及她们守护的"绀碧之棺"秘密。最终柯南和平次联手，在海底宫殿的遗迹中与犯罪分子展开对决，成功阻止了他们的阴谋，也让这段跨越300年的恩怨得以化解。