《深海巨灵大海龟》讲述了一个在海边长大的孤独小男孩，他常在海边玩耍。一天，一个小女孩从海里出现，两人成为朋友，并一起在海龟背上刻下图案。天黑时，女孩送给男孩一串项链，随后回到海中。十年后，男孩长大，科学家们发现海中有史前巨型生物，决定前往考察。原来那是一只巨型海龟，体型惊人，如同足球场大小。许多人试图捕捉它，有的为了科学，有的为发财。年轻人出于好奇也加入其中，但海龟虽庞大却对人类无害。就在大家纷纷失败时，一个神秘女子出现，劝年轻人不要抓捕海龟。年轻人认出她正是小时候的玩伴，但未及多问，女子已消失无踪。故事交织着友情、冒险与对自然的敬畏。