《假面骑士圣刃 深罪的三重奏》讲述大战结束八年后的故事。神山飞羽真收养了在战争中失去父母的少年小陆，与好友间宫和编辑须藤芽依共同照顾他。尽管飞羽真努力填补小陆缺失的父爱，11岁的少年始终无法走出心理阴影。与此同时，已成为翻译家的富加宫贤人正筹备与立花结菜的婚礼。平静的生活被突然出现的幽灵现象打破——本应消失的亡者接连现身，而这一切似乎与少年小陆深藏的秘密有关。面对新的危机，圣刃骑士们必须揭开缠绕在亲情、友情与救赎之间的三重谜题，才能守护来之不易的和平。本作作为《假面骑士圣刃》与《假面骑士Ghost》的联动特别篇，延续了原作关于"故事与羁绊"的核心主题。