在3000年的末日废土世界，《3000年终结者》以硬核科幻动作片的姿态，讲述了一群被称作"除虫者"的雇佣兵小队。核战后的地球被变异生物统治，幸存者蜗居在地下堡垒。当最后一座人类净土的供水系统遭巨型昆虫入侵，暴躁老兵阿尔伯托（卢西亚诺·皮格齐饰）带领菜鸟机械师妮卡（卢卡·韦南蒂尼饰）等亡命徒，携带火焰喷射器深入虫巢。随着任务推进，他们发现这场灾难背后藏着军方不可告人的基因实验，而队伍里每个人都与这个阴谋有着致命关联。当杀虫行动变成人性试炼，这些游走在道德边缘的战士，必须在拯救人类与自我救赎间做出抉择。究竟谁才是真正的"害虫"？这个反转让所有观众猝不及防。