《联邦调查局第九季》继续聚焦纽约FBI精英团队打击重大犯罪的紧张行动。梅西·帕瑞格兰饰演的特别探员玛吉·贝尔与齐科·扎基饰演的探员奥马尔·阿德姆·齐丹带领团队，面对连环杀人案、恐怖袭击和高科技犯罪等复杂案件。本季新增跨国犯罪集团调查线，揭露一个涉及军火走私与政商勾结的庞大网络。团队在追查过程中遭遇内部信任危机，玛吉更因过往行动卷入证人谋杀指控。高压任务中，成员们必须在专业判断与个人情感间取得平衡，同时应对上司杰西塔对团队重组带来的冲击。贯穿全季的暗线逐渐揭示某位探员与犯罪首脑出人意料的血缘关联，最终在季终集引爆震撼对决。