《珠珠的秘密日记 第二季》讲述了童话王国遭遇危机的故事。在一个盛大的庆典上，巫婆美杜莎和波伊松发动袭击，将童话王国变成了灰色石头，所有精灵也被石化。她们将王国的神秘力量封印在一颗七彩石头中，企图让它永沉黑暗。珠珠和嘟嘟因在家练习表演而迟到，幸运地避开了石化。她们从巫婆手中夺回七彩石头，但在返回现实世界时遭到巫婆的追击，魔法宝石被打碎，碎片散落各处。受童话王国的影响，现实世界也变得黯淡无光，珠珠的朋友们失去了所有记忆。为了恢复童话王国和现实世界的色彩，珠珠和嘟嘟踏上了收集秘密花朵胶带的冒险之旅，开启了一段充满挑战与奇迹的旅程。